近几年，随着我国经济的蓬勃发展，高校科研与政府、企业的合作联系也逐渐紧密，所承担的科研项目越来越多，科研经费也随之大幅度的增长，近来，科研经费数量的多少已成为衡量高校实力的一个重要条件。然而，如何加强科研经费的管理是目前许多高校面临的严峻问题，科研经费管理有效性差普遍存在，从政府到高校，都在积极探索合理管理的制度，使科研经费既能合理的使用又能激发科研工作者的积极性，创造更多的社会价值。
一、目前科研经费管理存在的问题
(一)科研经费预算编制不规范
目前，国家在科研项目支出科目、预算定额等方面还没有制定出科学系统的预算定额标准，科研人员并非财务人员，预算观念淡薄，只把科研预算作为争取科研经费的环节之一，前期可行性调查不到位，不进行足够的调研和科学的测算，编制出的经费预算不准确，预算内容不全面，凭以往的经验和估计填列出预算数据，缺乏前瞻性、合理性和规范性要求。
(二)缺乏全面准确的成本核算
教学资金与科研资金来源于不同的资金渠道，在使用时，要按规定计入各自的成本，但是在实际中，通常很难严格的将两者成本准确核算。高校的科研人员大多是教学、科研双肩挑，科研工作与教学工作有着密切联系，用于实验教学的材料经常被用于科研项目的实验，例如，教学用固定资产用于科研的使用费，从事科研使用的水电费等支出不计入科研成本，而是全部在教育事业费中列支;科研人员的超比例提取津贴、酬金;在报销费用时，发票中所列的明细项目与实际支出情况不符;在人工费的开支上，虚构人员或假借学生身份套取助研补贴，使项目成本核算难以实现实事求是的原则。高校科研项目的成本只是部分地从科研经费中得到补偿，科研成本严重的挤占、挪用了学校的教育事业经费。
(三)内部管理和监督机制不完善。
在高校中普遍存在科研经费管理监督机制不健全，科研经费的专项审计工作流于形式，支出不合理，甚至发生违规调账。有的科研人员，为了逃避上缴管理费，将争取到的横向科研经费挂靠外单位，躲避学校对资金的监管;有的为了套出现金，用大量与实际不符的票据报销，如招待费、交通费等;许多项目结题不结账，在项目完成后相当长时间内一些项目负责人还继续使用科研项目结余经费列支费用，疏于对结余资金的管理。
因此高校科研经费管理普遍存在有效性差的问题，探索科研经费管理的途径与办法已成为提高科研水平，保证科研成果质量的关键所在。只有加强科研经费管理，才能合理分配使用、充分发挥现有科研经费的效益。
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