新《医院会计制度》中的一个亮点就是：“在一个会计系统中同时容纳了预算信息和财务信息，这也就确立了兼顾财务管理和预算管理双目标、双基础的会计模式”，详细内容请看下文浅谈医院财务人员管理。
医院服务的对象是广大普通的人民群众，强调医院救死扶伤的公益性，国家势必将增加对医院的财政补助，这样一来预算管理势必成为政府和医疗机构必须重视的问题。目前，很多医院不重视预算管理工作，预算管理观念落后，仅靠个别财务人员，依据上年财务报表，粗略的估计，简单的进行数字调整。预算是一回事，执行又是另一回事，忽视了预算的严肃性、有效性;未做到管理到科、责任到人;未做到按实际执行情况及时调整偏差，保证预算完成;未做到对预算进行考评、分析。一些医院在进行大型设备购置、重大投资决策，甚至考虑银行贷款规模时，主观、盲目，完全不参考财务人员的预测分析，仅凭个别领导的经验做决定。财务科是医院的财务经营管理中心，财务人员应对以前年度预算执行情况进行全面分析，根据医院事业发展计划、年度工作计划，在重点保证人员费用、基本公用费用(如水电气、药品、材料等)、医院发展费(如设备购置，修缮费等)，确保医院现金流的情况下，采用固定预算、弹性预算、动态预算、零基预算等多种方法，编制医院的收入、费用预算、现金流量预算、资金投资计划及投资效益预测等预算方案，确定全院预算指标。再根据指标的构成、科室的责任和能力，逐个分解编制二级科室责任预算。对每个核算科室实行定额管理，即定岗、定员、定费用指标。并确立每个核算科室的工作量、业务收入、收入结构、费用水平、药品比例等指标，使科室明确工作目标。
加强全面成本核算
新的医院财务、会计制度重点强化了对成本管理的要求，对成本管理的目标、成本核算的对象、成本核算应遵循的原则、成本归集分摊的流程、成本分析和成本控制等作出了明确规定。目前我国医疗费用不是按成本来定价的，而是执行政府指导价格。开展全成本核算，对新市场形势下的医院经营管理会起促进作用，但更重要的是，为财政补偿提供了蓝本。随着规范的全成本核算得以有效实施并最终成为医疗机构获得政府财政补偿的依据，在一定程度上必能降低群众看病贵的问题。目前大多数医院实行的成本核算只停留在业务科室奖金分配上，医院成本核算多是材料物资等消耗为主的变动成本和以工资等少数的固定成本为核算对象，主要核算直接成本，对行政后勤等间接成本分摊考虑的很少。
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