一、会计电算化条件下内部控制的现存问题
(一)“一身多职，越俎代包”现象严重，安全意识淡漠
传统手工会计处理系统的内部控制是建立在不相容职能分离及相应职责分工的基础上。采用电算化后，由于功能和知识度集中，导致职责的集中，原手工操作下不宜合并的岗位，采用电算化后可以合并，会计人员大大减少，致使这些原则的重要程度下降。再加上安全意识淡漠，对实行电算化后新的组织机构和岗位之间的相互制约、相互监督和相互控制机制不够重视，“一身多职，越俎代包”现象严重，这使得计算机舞弊现象时有发生。
(二)原始凭证数字化，易于伪造
在手工会计环境下，企业发生的经济业务均用纸张记录，这些数据如果被修改，很容易辨别出被修改过的痕迹。但是，在会计电算化系统中，数据被直接记录在磁盘或光盘上，对数据修改可做到不留痕迹，这就给业务的记录带来了风险，计算机的存储方式是将信息转化为数字形式存储在磁(光)介质上，因此极易被篡改甚至伪造而不留任何痕迹。这给一些不法之徒提供了机会，比如通过伪造或修改客户、银行的凭证，制造虚假交易，进而侵吞公款等。
(三)内部控制的程序化使得差错反复发生的可能性增大
电算化系统中内部控制具有人工控制与程序控制相结合的特点。电算化系统许多应用程序中包含了内部控制功能，这些程序化的内部控制的有效性取决于应用程序，如程序发生差错或不起作用，由于人们依赖性以及程序运行的重复性，使得失效控制长期不被发生，使用权系统“在特定方面发生错误或违规行为的可能性较大”。
(四)数据的安全性、保密性差
很多时候，企事业单位财务上的数据是保密的，在很大程度上关系着企事业单位生存与发展，但几乎所有的软件系统都在为完善会计功能和适应财务制度大伤脑筋，却没有认真研究过数据的保密问题，所谓加密，也无非是对软件本身的加密，防止盗版。这样会计数据的真实性和可靠性也就无法得到保证。此外，由于对计算机系统的依赖性很强，计算机硬件和软件对会计数据的安全性起着十分重要的作用，如系统一旦瘫痪，或者受病毒侵袭，或者突然断电，极易造成数据丢失。这也是手工会计系统不会遇到的问题。
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