独立性原则的要旨是使注册会计师免于利益冲突，从而奠定正直与客观的执业基础。 详细内容请看下文注册会计师独立性。
利益冲突的发生，一般认为有两种情况：一是某人的自我利益与其作为特定角色应尽的义务冲突;二是某人身兼双重角色时相对应的两种义务发生冲突(Beauchamp and Bowie，1988)。注册会计师的工作需要大量的职业判断，而职业判断的受益人是社会公众，社会有理由期望注册会计师的判断能代表他们的利益，如果审计报告的使用人从审计中获得的收益比期望获得的利益少，则注册会计师面临着利益冲突。
（一） 直接经济利益
直接经济利益主要是指注册会计师及其亲属所拥有的股票或其他所有者权益。国际会计师联合会1992年制定的《职业会计师道德准则》指出，注册会计师在客户中拥有直接经济利益时，独立性将受到损害。在注册会计师非主动地获取客户股权的情况下，如继承股权，或以股东为配偶，或是接管客户公司，注册会计师应当在执业前尽早处理股权，否则，注册会计师应拒绝对该公司的报告任务。美国注册会计师协会的职业行为规则解释101认为，在业务聘约期内或者在发表意见时，会员或其事务所已经或可以从企业取得直接利益，应视为对独立性的损害。美国注册会计师协会还认为，配偶、未成年子女或与会员共同生活及由会员供养的亲属所拥有的财务利益，一般都视同会员的财务利益。
2000年初美国证券交易委员会特别对普华永道会计师事务所进行调查，结果发现该公司2698名合伙人(占全部合伙人的86.5%)至少违反一项事务所及注册会计师协会所规定的独立性准则的要求。不仅11位资深合伙人中的6位承认违反了独立性规定，专业助理人员也有10.5%违反了规定。其中最主要的事实是合伙人及经理人持有所审客户的公司股票，与客户具有直接利益关系。
（二）间接经济利益
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